വാർത്തകൾ

കഴിഞ്ഞ ദശകത്തിൽ, കാൻസർ ഗവേഷണത്തിലും ക്ലിനിക്കൽ പ്രാക്ടീസിലും ജീൻ സീക്വൻസിംഗ് സാങ്കേതികവിദ്യ വ്യാപകമായി ഉപയോഗിച്ചുവരുന്നു, ഇത് കാൻസറിന്റെ തന്മാത്രാ സവിശേഷതകൾ വെളിപ്പെടുത്തുന്നതിനുള്ള ഒരു പ്രധാന ഉപകരണമായി മാറി. മോളിക്യുലാർ ഡയഗ്നോസിസിലും ടാർഗെറ്റഡ് തെറാപ്പിയിലുമുള്ള പുരോഗതി ട്യൂമർ പ്രിസിഷൻ തെറാപ്പി ആശയങ്ങളുടെ വികസനത്തെ പ്രോത്സാഹിപ്പിക്കുകയും ട്യൂമർ രോഗനിർണയത്തിന്റെയും ചികിത്സയുടെയും മുഴുവൻ മേഖലയിലും വലിയ മാറ്റങ്ങൾ വരുത്തുകയും ചെയ്തു. കാൻസർ സാധ്യത മുന്നറിയിപ്പ് നൽകുന്നതിനും, ചികിത്സാ തീരുമാനങ്ങൾ നയിക്കുന്നതിനും, രോഗനിർണയം വിലയിരുത്തുന്നതിനും ജനിതക പരിശോധന ഉപയോഗിക്കാം, കൂടാതെ രോഗിയുടെ ക്ലിനിക്കൽ ഫലങ്ങൾ മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നതിനുള്ള ഒരു പ്രധാന ഉപകരണമാണിത്. കാൻസർ രോഗനിർണയത്തിലും ചികിത്സയിലും ജനിതക പരിശോധനയുടെ പ്രയോഗം അവലോകനം ചെയ്യുന്നതിനായി CA കാൻസർ ജെ ക്ലിൻ, ജെസിഒ, ആൻ ഓങ്കോൾ, മറ്റ് ജേണലുകൾ എന്നിവയിൽ പ്രസിദ്ധീകരിച്ച സമീപകാല ലേഖനങ്ങൾ ഞങ്ങൾ ഇവിടെ സംഗ്രഹിക്കുന്നു.

സോമാറ്റിക് മ്യൂട്ടേഷനുകളും ജെർംലൈൻ മ്യൂട്ടേഷനുകളും. പൊതുവേ, മാതാപിതാക്കളിൽ നിന്ന് പാരമ്പര്യമായി ലഭിക്കുന്നതോ (ജെർംലൈൻ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ) പ്രായത്തിനനുസരിച്ച് ലഭിക്കുന്നതോ (സോമാറ്റിക് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ) ആയ ഡിഎൻഎ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ മൂലമാണ് കാൻസർ ഉണ്ടാകുന്നത്. ജനനം മുതൽ തന്നെ ജേംലൈൻ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ കാണപ്പെടുന്നു, കൂടാതെ മ്യൂട്ടേറ്റർ സാധാരണയായി ശരീരത്തിലെ എല്ലാ കോശത്തിന്റെയും ഡിഎൻഎയിൽ മ്യൂട്ടേഷൻ വഹിക്കുന്നു, കൂടാതെ സന്തതികളിലേക്ക് കൈമാറ്റം ചെയ്യപ്പെടാം. നോൺ-ഗെമെറ്റിക് കോശങ്ങളിലെ വ്യക്തികളാണ് സോമാറ്റിക് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ നേടുന്നത്, സാധാരണയായി അവ സന്തതികളിലേക്ക് കൈമാറ്റം ചെയ്യപ്പെടുന്നില്ല. ജെർംലൈൻ, സോമാറ്റിക് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ എന്നിവ കോശങ്ങളുടെ സാധാരണ പ്രവർത്തന പ്രവർത്തനത്തെ നശിപ്പിക്കുകയും കോശങ്ങളുടെ മാരകമായ പരിവർത്തനത്തിലേക്ക് നയിക്കുകയും ചെയ്യും. സോമാറ്റിക് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ മാരകതയുടെ ഒരു പ്രധാന ഘടകമാണ്, ഓങ്കോളജിയിലെ ഏറ്റവും പ്രവചനാത്മകമായ ബയോമാർക്കറാണ്; എന്നിരുന്നാലും, ട്യൂമർ രോഗികളിൽ ഏകദേശം 10 മുതൽ 20 ശതമാനം വരെ ജെർംലൈൻ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ വഹിക്കുന്നു, അത് അവരുടെ കാൻസർ സാധ്യത ഗണ്യമായി വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നു, കൂടാതെ ഈ മ്യൂട്ടേഷനുകളിൽ ചിലത് ചികിത്സാപരവുമാണ്.
ഡ്രൈവർ മ്യൂട്ടേഷനും പാസഞ്ചർ മ്യൂട്ടേഷനും. എല്ലാ ഡിഎൻഎ വകഭേദങ്ങളും കോശ പ്രവർത്തനത്തെ ബാധിക്കുന്നില്ല; ശരാശരി, "ഡ്രൈവർ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ" എന്നറിയപ്പെടുന്ന അഞ്ച് മുതൽ പത്ത് വരെ ജീനോമിക് ഇവന്റുകൾ ആവശ്യമാണ്, ഇത് സാധാരണ കോശ നശീകരണത്തിന് കാരണമാകുന്നു. കോശ വളർച്ചാ നിയന്ത്രണം, ഡിഎൻഎ നന്നാക്കൽ, കോശ ചക്ര നിയന്ത്രണം, മറ്റ് ജീവിത പ്രക്രിയകൾ എന്നിവയിൽ ഉൾപ്പെട്ടിരിക്കുന്ന ജീനുകൾ പോലുള്ള കോശ ജീവിത പ്രവർത്തനങ്ങളുമായി അടുത്ത ബന്ധമുള്ള ജീനുകളിൽ ഡ്രൈവർ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ പലപ്പോഴും സംഭവിക്കാറുണ്ട്, കൂടാതെ ചികിത്സാ ലക്ഷ്യങ്ങളായി ഉപയോഗിക്കാനുള്ള കഴിവുമുണ്ട്. എന്നിരുന്നാലും, ഏതൊരു കാൻസറിലും ആകെ മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ എണ്ണം വളരെ വലുതാണ്, ചില സ്തനാർബുദങ്ങളിൽ ഏതാനും ആയിരങ്ങൾ മുതൽ ചില ഉയർന്ന വേരിയബിൾ കൊളോറെക്ടൽ, എൻഡോമെട്രിയൽ കാൻസറുകളിൽ 100,000-ത്തിലധികം വരെ. മിക്ക മ്യൂട്ടേഷനുകളിലും ജൈവശാസ്ത്രപരമായ പ്രാധാന്യമില്ല അല്ലെങ്കിൽ പരിമിതമാണ്, മ്യൂട്ടേഷൻ കോഡിംഗ് മേഖലയിൽ സംഭവിച്ചാലും, അത്തരം നിസ്സാരമായ മ്യൂട്ടേഷൻ ഇവന്റുകൾ "പാസഞ്ചർ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ" എന്ന് വിളിക്കപ്പെടുന്നു. ഒരു പ്രത്യേക ട്യൂമർ തരത്തിലെ ഒരു ജീൻ വകഭേദം ചികിത്സയോടുള്ള അതിന്റെ പ്രതികരണമോ പ്രതിരോധമോ പ്രവചിക്കുകയാണെങ്കിൽ, ആ വകഭേദത്തെ ക്ലിനിക്കലായി പ്രവർത്തനക്ഷമമായി കണക്കാക്കുന്നു.
ഓങ്കോജീനുകളും ട്യൂമർ സപ്രസ്സർ ജീനുകളും. കാൻസറിൽ പതിവായി മ്യൂട്ടേഷൻ സംഭവിക്കുന്ന ജീനുകളെ ഏകദേശം രണ്ട് വിഭാഗങ്ങളായി തിരിക്കാം, ഓങ്കോജീനുകൾ, ട്യൂമർ സപ്രസ്സർ ജീനുകൾ. സാധാരണ കോശങ്ങളിൽ, ഓങ്കോജീനുകൾ എൻകോഡ് ചെയ്യുന്ന പ്രോട്ടീൻ പ്രധാനമായും കോശ വ്യാപനത്തെ പ്രോത്സാഹിപ്പിക്കുന്നതിലും സെൽ അപ്പോപ്‌ടോസിസിനെ തടയുന്നതിലും പങ്ക് വഹിക്കുന്നു, അതേസമയം ഓങ്കോസപ്രസ്സർ ജീനുകൾ എൻകോഡ് ചെയ്യുന്ന പ്രോട്ടീൻ സാധാരണ കോശ പ്രവർത്തനം നിലനിർത്തുന്നതിന് കോശവിഭജനത്തെ നെഗറ്റീവ് ആയി നിയന്ത്രിക്കുന്നതിന് പ്രധാനമായും ഉത്തരവാദിയാണ്. മാലിഗ്നന്റ് ട്രാൻസ്ഫോർമേഷൻ പ്രക്രിയയിൽ, ജീനോമിക് മ്യൂട്ടേഷൻ ഓങ്കോജീൻ പ്രവർത്തനം വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നതിനും ഓങ്കോസപ്രസ്സർ ജീൻ പ്രവർത്തനം കുറയുന്നതിനോ നഷ്ടപ്പെടുന്നതിനോ കാരണമാകുന്നു.
ചെറിയ വ്യതിയാനവും ഘടനാ വ്യതിയാനവും. ജീനോമിലെ രണ്ട് പ്രധാന തരം മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഇവയാണ്. ചെറിയ വകഭേദങ്ങൾ ബേസ് ഇൻസേർഷൻ, ഡിലീറ്റ്, ഫ്രെയിംഷിഫ്റ്റ്, സ്റ്റാർട്ട് കോഡോൺ ലോസ്, സ്റ്റോപ്പ് കോഡോൺ ലോസ് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ എന്നിവയുൾപ്പെടെ ചെറിയ എണ്ണം ബേസുകൾ മാറ്റുന്നതിലൂടെയോ ഇല്ലാതാക്കുന്നതിലൂടെയോ ചേർത്തുകൊണ്ടോ ഡിഎൻഎയിൽ മാറ്റം വരുത്തുന്നു. ഘടനാപരമായ വ്യതിയാനം എന്നത് ഒരു വലിയ ജീനോം പുനഃക്രമീകരണമാണ്, ഇതിൽ ജീൻ കോപ്പി നമ്പർ മാറ്റങ്ങൾ, ക്രോമസോം ഡിലീറ്റ്, ഡ്യൂപ്ലിക്കേഷൻ, ഇൻവേർഷൻ അല്ലെങ്കിൽ ട്രാൻസ്‌ലോക്കേഷൻ എന്നിവ ഉൾപ്പെടെ ആയിരക്കണക്കിന് ബേസുകൾ മുതൽ ക്രോമസോമിന്റെ ഭൂരിഭാഗവും വരെയുള്ള ജീൻ സെഗ്‌മെന്റുകൾ ഉൾപ്പെടുന്നു. ഈ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ പ്രോട്ടീൻ പ്രവർത്തനത്തിന്റെ കുറവോ വർദ്ധനവോ ഉണ്ടാക്കിയേക്കാം. വ്യക്തിഗത ജീനുകളുടെ തലത്തിലുള്ള മാറ്റങ്ങൾക്ക് പുറമേ, ജീനോമിക് സിഗ്നേച്ചറുകളും ക്ലിനിക്കൽ സീക്വൻസിംഗ് റിപ്പോർട്ടുകളുടെ ഭാഗമാണ്. ട്യൂമർ മ്യൂട്ടേഷൻ ലോഡ് (TMB), മൈക്രോസാറ്റലൈറ്റ് അസ്ഥിരത (MSI), ഹോമോലോജസ് റീകോമ്പിനേഷൻ വൈകല്യങ്ങൾ എന്നിവയുൾപ്പെടെ ചെറുതും/അല്ലെങ്കിൽ ഘടനാപരവുമായ വ്യതിയാനങ്ങളുടെ സങ്കീർണ്ണമായ പാറ്റേണുകളായി ജീനോമിക് സിഗ്നേച്ചറുകളെ കാണാൻ കഴിയും.

ക്ലോണൽ മ്യൂട്ടേഷനും സബ്ക്ലോണൽ മ്യൂട്ടേഷനും. എല്ലാ ട്യൂമർ കോശങ്ങളിലും ക്ലോണൽ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ കാണപ്പെടുന്നു, രോഗനിർണയ സമയത്ത് കാണപ്പെടുന്നു, ചികിത്സ പുരോഗതിക്കുശേഷവും നിലനിൽക്കുന്നു. അതിനാൽ, ക്ലോണൽ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ട്യൂമർ ചികിത്സാ ലക്ഷ്യങ്ങളായി ഉപയോഗിക്കാനുള്ള സാധ്യതയുണ്ട്. സബ്ക്ലോണൽ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ കാൻസർ കോശങ്ങളുടെ ഒരു ഉപവിഭാഗത്തിൽ മാത്രമേ കാണപ്പെടുന്നുള്ളൂ, രോഗനിർണയത്തിന്റെ തുടക്കത്തിൽ തന്നെ അവ കണ്ടെത്താനും പിന്നീട് വീണ്ടും പ്രത്യക്ഷപ്പെടാനും സാധ്യതയുണ്ട്, അല്ലെങ്കിൽ ചികിത്സയ്ക്ക് ശേഷം മാത്രമേ അവ അപ്രത്യക്ഷമാകൂ. കാൻസർ വൈവിധ്യം എന്നത് ഒരു കാൻസറിൽ ഒന്നിലധികം സബ്ക്ലോണൽ മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ സാന്നിധ്യത്തെ സൂചിപ്പിക്കുന്നു. ശ്രദ്ധേയമായി, എല്ലാ സാധാരണ കാൻസർ ഇനങ്ങളിലും ക്ലിനിക്കലി പ്രാധാന്യമുള്ള ഡ്രൈവർ മ്യൂട്ടേഷനുകളിൽ ഭൂരിഭാഗവും ക്ലോണൽ മ്യൂട്ടേഷനുകളാണ്, കൂടാതെ കാൻസർ പുരോഗതിയിലുടനീളം സ്ഥിരത പുലർത്തുകയും ചെയ്യുന്നു. സബ്ക്ലോണുകൾ പലപ്പോഴും മധ്യസ്ഥത വഹിക്കുന്ന പ്രതിരോധം, രോഗനിർണയ സമയത്ത് കണ്ടെത്തിയേക്കില്ല, പക്ഷേ ചികിത്സയ്ക്ക് ശേഷം അത് വീണ്ടും വരുമ്പോൾ പ്രത്യക്ഷപ്പെടുന്നു.

ക്രോമസോം തലത്തിലെ മാറ്റങ്ങൾ കണ്ടെത്താൻ പരമ്പരാഗത സാങ്കേതിക വിദ്യയായ ഫിഷ് അല്ലെങ്കിൽ സെൽ കാരിയോടൈപ്പ് ഉപയോഗിക്കുന്നു. ജീൻ ഫ്യൂഷനുകൾ, ഇല്ലാതാക്കലുകൾ, ആംപ്ലിഫിക്കേഷനുകൾ എന്നിവ കണ്ടെത്താൻ ഫിഷ് ഉപയോഗിക്കാം, ഉയർന്ന കൃത്യതയും സംവേദനക്ഷമതയും എന്നാൽ പരിമിതമായ ത്രൂപുട്ടും ഉള്ള അത്തരം വകഭേദങ്ങൾ കണ്ടെത്തുന്നതിനുള്ള "സ്വർണ്ണ നിലവാരം" ആയി ഇത് കണക്കാക്കപ്പെടുന്നു. ചില ഹെമറ്റോളജിക്കൽ മാലിഗ്നൻസികളിൽ, പ്രത്യേകിച്ച് അക്യൂട്ട് രക്താർബുദത്തിൽ, രോഗനിർണയത്തിനും രോഗനിർണയത്തിനും വഴികാട്ടാൻ കാരിയോടൈപ്പിംഗ് ഇപ്പോഴും ഉപയോഗിക്കുന്നു, എന്നാൽ ഈ സാങ്കേതികവിദ്യ ക്രമേണ ഫിഷ്, ഡബ്ല്യുജിഎസ്, എൻജിഎസ് പോലുള്ള ടാർഗെറ്റുചെയ്‌ത മോളിക്യുലാർ അസ്സേകൾ ഉപയോഗിച്ച് മാറ്റിസ്ഥാപിക്കപ്പെടുന്നു.
വ്യക്തിഗത ജീനുകളിലെ മാറ്റങ്ങൾ PCR വഴി കണ്ടെത്താനാകും, റിയൽ-ടൈം PCR ഉം ഡിജിറ്റൽ ഡ്രോപ്പ് PCR ഉം. ഈ സാങ്കേതിക വിദ്യകൾക്ക് ഉയർന്ന സംവേദനക്ഷമതയുണ്ട്, ചെറിയ അവശിഷ്ട നിഖേദ് കണ്ടെത്തുന്നതിനും നിരീക്ഷിക്കുന്നതിനും പ്രത്യേകിച്ചും അനുയോജ്യമാണ്, കൂടാതെ താരതമ്യേന കുറഞ്ഞ സമയത്തിനുള്ളിൽ ഫലങ്ങൾ നേടാൻ കഴിയും, പോരായ്മ കണ്ടെത്തൽ പരിധി പരിമിതമാണ് (സാധാരണയായി ഒന്നോ അതിലധികമോ ജീനുകളിൽ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ മാത്രമേ കണ്ടെത്തൂ), ഒന്നിലധികം പരിശോധനകൾ നടത്താനുള്ള കഴിവ് പരിമിതമാണ്.
ERBB2 (HER2), ഈസ്ട്രജൻ റിസപ്റ്ററുകൾ തുടങ്ങിയ ബയോമാർക്കറുകളുടെ എക്സ്പ്രഷൻ കണ്ടെത്തുന്നതിന് സാധാരണയായി ഉപയോഗിക്കുന്ന പ്രോട്ടീൻ അധിഷ്ഠിത നിരീക്ഷണ ഉപകരണമാണ് ഇമ്മ്യൂണോഹിസ്റ്റോകെമിസ്ട്രി (IHC). BRAF V600E പോലുള്ള പ്രത്യേക മ്യൂട്ടേറ്റഡ് പ്രോട്ടീനുകളും (ALK ഫ്യൂഷനുകൾ പോലുള്ള പ്രത്യേക ജീൻ ഫ്യൂഷനുകളും) കണ്ടെത്തുന്നതിനും IHC ഉപയോഗിക്കാം. പതിവ് ടിഷ്യു വിശകലന പ്രക്രിയയിൽ ഇത് എളുപ്പത്തിൽ സംയോജിപ്പിക്കാൻ കഴിയും എന്നതാണ് IHC യുടെ ഗുണം, അതിനാൽ ഇത് മറ്റ് പരിശോധനകളുമായി സംയോജിപ്പിക്കാൻ കഴിയും. കൂടാതെ, IHC ക്ക് സബ്സെല്ലുലാർ പ്രോട്ടീൻ ലോക്കലൈസേഷനെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ നൽകാൻ കഴിയും. പരിമിതമായ സ്കേലബിളിറ്റിയും ഉയർന്ന ഓർഗനൈസേഷണൽ ആവശ്യങ്ങളുമാണ് പോരായ്മകൾ.
രണ്ടാം തലമുറ സീക്വൻസിങ് (NGS) NGS, DNA, RNA തലങ്ങളിലെ വ്യതിയാനങ്ങൾ കണ്ടെത്തുന്നതിന് ഉയർന്ന ത്രൂപുട്ട് പാരലൽ സീക്വൻസിങ് ടെക്നിക്കുകൾ ഉപയോഗിക്കുന്നു. മുഴുവൻ ജീനോമിനെയും (WGS) താൽപ്പര്യമുള്ള ജീൻ മേഖലകളെയും ക്രമപ്പെടുത്താൻ ഈ സാങ്കേതികവിദ്യ ഉപയോഗിക്കാം. WGS ഏറ്റവും സമഗ്രമായ ജീനോമിക് മ്യൂട്ടേഷൻ വിവരങ്ങൾ നൽകുന്നു, എന്നാൽ അതിന്റെ ക്ലിനിക്കൽ പ്രയോഗത്തിന് നിരവധി തടസ്സങ്ങളുണ്ട്, അതിൽ പുതിയ ട്യൂമർ ടിഷ്യു സാമ്പിളുകളുടെ ആവശ്യകതയും (WGS ഫോർമാലിൻ-ഇമ്മൊബിലൈസ് ചെയ്ത സാമ്പിളുകൾ വിശകലനം ചെയ്യാൻ ഇതുവരെ അനുയോജ്യമല്ല) ഉയർന്ന വിലയും ഉൾപ്പെടുന്നു.
ടാർഗെറ്റഡ് എൻ‌ജി‌എസ് സീക്വൻസിംഗിൽ മുഴുവൻ എക്സോൺ സീക്വൻസിംഗും ടാർഗെറ്റ് ജീൻ പാനലും ഉൾപ്പെടുന്നു. ഈ പരിശോധനകൾ ഡി‌എൻ‌എ പ്രോബുകൾ അല്ലെങ്കിൽ പി‌സി‌ആർ ആംപ്ലിഫിക്കേഷൻ വഴി താൽപ്പര്യമുള്ള പ്രദേശങ്ങളെ സമ്പുഷ്ടമാക്കുന്നു, അതുവഴി ആവശ്യമായ സീക്വൻസിംഗിന്റെ അളവ് പരിമിതപ്പെടുത്തുന്നു (മുഴുവൻ എക്സോമും ജീനോമിന്റെ 1 മുതൽ 2 ശതമാനം വരെ വരും, 500 ജീനുകൾ അടങ്ങിയ വലിയ പാനലുകൾ പോലും ജീനോമിന്റെ 0.1 ശതമാനം മാത്രമേ ഉണ്ടാക്കുന്നുള്ളൂ). ഫോർമാലിൻ-ഫിക്സഡ് ടിഷ്യൂകളിൽ മുഴുവൻ എക്സോൺ സീക്വൻസിംഗ് മികച്ച പ്രകടനം കാഴ്ചവയ്ക്കുന്നുണ്ടെങ്കിലും, അതിന്റെ വില ഉയർന്നതാണ്. ടാർഗെറ്റ് ജീൻ കോമ്പിനേഷനുകൾ താരതമ്യേന ലാഭകരമാണ്, കൂടാതെ പരീക്ഷിക്കേണ്ട ജീനുകളെ തിരഞ്ഞെടുക്കുന്നതിൽ വഴക്കം അനുവദിക്കുന്നു. കൂടാതെ, ലിക്വിഡ് ബയോപ്സികൾ എന്നറിയപ്പെടുന്ന കാൻസർ രോഗികളുടെ ജീനോമിക് വിശകലനത്തിനുള്ള ഒരു പുതിയ ഓപ്ഷനായി സർക്കുലേറ്റിംഗ് ഫ്രീ ഡി‌എൻ‌എ (സി‌എഫ്‌ഡി‌എൻ‌എ) ഉയർന്നുവരുന്നു. കാൻസർ കോശങ്ങൾക്കും സാധാരണ കോശങ്ങൾക്കും ഡി‌എൻ‌എ രക്തപ്രവാഹത്തിലേക്ക് വിടാൻ കഴിയും, കൂടാതെ കാൻസർ കോശങ്ങളിൽ നിന്ന് പുറത്തുവരുന്ന ഡി‌എൻ‌എയെ സർക്കുലേറ്റിംഗ് ട്യൂമർ ഡി‌എൻ‌എ (സി‌ടി‌ഡി‌എൻ‌എ) എന്ന് വിളിക്കുന്നു, ഇത് ട്യൂമർ കോശങ്ങളിലെ സാധ്യതയുള്ള മ്യൂട്ടേഷനുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിന് വിശകലനം ചെയ്യാൻ കഴിയും.
പരിശോധനയുടെ തിരഞ്ഞെടുപ്പ് പ്രത്യേക ക്ലിനിക്കൽ പ്രശ്നത്തെ ആശ്രയിച്ചിരിക്കുന്നു. അംഗീകൃത ചികിത്സകളുമായി ബന്ധപ്പെട്ട മിക്ക ബയോമാർക്കറുകളും FISH, IHC, PCR ടെക്നിക്കുകൾ വഴി കണ്ടെത്താൻ കഴിയും. ചെറിയ അളവിലുള്ള ബയോമാർക്കറുകൾ കണ്ടെത്തുന്നതിന് ഈ രീതികൾ ന്യായയുക്തമാണ്, പക്ഷേ വർദ്ധിച്ചുവരുന്ന ത്രൂപുട്ടിനൊപ്പം കണ്ടെത്തലിന്റെ കാര്യക്ഷമത മെച്ചപ്പെടുത്തുന്നില്ല, കൂടാതെ വളരെയധികം ബയോമാർക്കറുകൾ കണ്ടെത്തിയാൽ, കണ്ടെത്തലിന് ആവശ്യമായ ടിഷ്യു ഉണ്ടാകണമെന്നില്ല. ടിഷ്യു സാമ്പിളുകൾ ലഭിക്കാൻ പ്രയാസമുള്ളതും പരിശോധിക്കാൻ ഒന്നിലധികം ബയോമാർക്കറുകൾ ഉള്ളതുമായ ശ്വാസകോശ അർബുദം പോലുള്ള ചില പ്രത്യേക അർബുദങ്ങളിൽ, NGS ഉപയോഗിക്കുന്നത് ഒരു മികച്ച തിരഞ്ഞെടുപ്പാണ്. ഉപസംഹാരമായി, ഓരോ രോഗിക്കും പരിശോധിക്കേണ്ട ബയോമാർക്കറുകളുടെ എണ്ണത്തെയും ബയോമാർക്കറിനായി പരിശോധിക്കേണ്ട രോഗികളുടെ എണ്ണത്തെയും ആശ്രയിച്ചിരിക്കും പരിശോധനയുടെ തിരഞ്ഞെടുപ്പ്. ചില സന്ദർഭങ്ങളിൽ, IHC/FISH ഉപയോഗം മതിയാകും, പ്രത്യേകിച്ച് സ്തനാർബുദ രോഗികളിൽ ഈസ്ട്രജൻ റിസപ്റ്ററുകൾ, പ്രൊജസ്ട്രോൺ റിസപ്റ്ററുകൾ, ERBB2 എന്നിവ കണ്ടെത്തൽ പോലുള്ള ലക്ഷ്യം തിരിച്ചറിഞ്ഞിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ. ജീനോമിക് മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ കൂടുതൽ സമഗ്രമായ പര്യവേക്ഷണവും സാധ്യതയുള്ള ചികിത്സാ ലക്ഷ്യങ്ങൾക്കായുള്ള തിരയലും ആവശ്യമാണെങ്കിൽ, NGS കൂടുതൽ സംഘടിതവും ചെലവ് കുറഞ്ഞതുമാണ്. കൂടാതെ, IHC/FISH ഫലങ്ങൾ അവ്യക്തമോ അനിശ്ചിതത്വമോ ആയ സന്ദർഭങ്ങളിൽ NGS പരിഗണിക്കാവുന്നതാണ്.

ജനിതക പരിശോധനയ്ക്ക് ഏതൊക്കെ രോഗികളാണ് യോഗ്യരാകേണ്ടതെന്ന് വ്യത്യസ്ത മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശങ്ങൾ നൽകുന്നു. 2020-ൽ, ESMO പ്രിസിഷൻ മെഡിസിൻ വർക്കിംഗ് ഗ്രൂപ്പ്, വിപുലമായ കാൻസർ ബാധിച്ച രോഗികൾക്ക് ആദ്യത്തെ NGS പരിശോധനാ ശുപാർശകൾ പുറപ്പെടുവിച്ചു, വിപുലമായ നോൺ-സ്ക്വാമസ് നോൺ-സ്മോൾ സെൽ ലംഗ് കാൻസർ, പ്രോസ്റ്റേറ്റ് കാൻസർ, കൊളോറെക്ടൽ കാൻസർ, പിത്തരസം നാള കാൻസർ, അണ്ഡാശയ കാൻസർ ട്യൂമർ സാമ്പിളുകൾ എന്നിവയ്ക്കുള്ള പതിവ് NGS പരിശോധന ശുപാർശ ചെയ്തു, 2024-ൽ, ESMO ഈ അടിസ്ഥാനത്തിൽ അപ്‌ഡേറ്റ് ചെയ്തു, സ്തനാർബുദവും അപൂർവ മുഴകളും ഉൾപ്പെടുത്താൻ ശുപാർശ ചെയ്തു. ഗ്യാസ്ട്രോഇന്റസ്റ്റൈനൽ സ്ട്രോമൽ ട്യൂമറുകൾ, സാർക്കോമകൾ, തൈറോയ്ഡ് കാൻസർ, അജ്ഞാത ഉത്ഭവമുള്ള ക്യാൻസറുകൾ എന്നിവ ഉദാഹരണം.
2022-ൽ, മെറ്റാസ്റ്റാറ്റിക് അല്ലെങ്കിൽ അഡ്വാൻസ്ഡ് കാൻസർ രോഗികളിൽ സോമാറ്റിക് ജീനോം പരിശോധനയെക്കുറിച്ചുള്ള ASCO-യുടെ ക്ലിനിക്കൽ ഒപിനിയൻ പറയുന്നത്, മെറ്റാസ്റ്റാറ്റിക് അല്ലെങ്കിൽ അഡ്വാൻസ്ഡ് സോളിഡ് ട്യൂമറുകൾ ഉള്ള രോഗികളിൽ ബയോമാർക്കറുമായി ബന്ധപ്പെട്ട തെറാപ്പി അംഗീകരിക്കപ്പെട്ടാൽ, ഈ രോഗികൾക്ക് ജനിതക പരിശോധന ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു എന്നാണ്. ഉദാഹരണത്തിന്, മെറ്റാസ്റ്റാറ്റിക് മെലനോമ ഉള്ള രോഗികളിൽ BRAF V600E മ്യൂട്ടേഷനുകൾക്കായി സ്‌ക്രീൻ ചെയ്യുന്നതിനായി ജീനോമിക് പരിശോധന നടത്തണം, കാരണം RAF, MEK ഇൻഹിബിറ്ററുകൾ ഈ സൂചനയ്ക്ക് അംഗീകാരം നൽകിയിട്ടുണ്ട്. കൂടാതെ, രോഗിക്ക് നൽകേണ്ട മരുന്നിന് പ്രതിരോധത്തിന്റെ വ്യക്തമായ മാർക്കർ ഉണ്ടെങ്കിൽ ജനിതക പരിശോധനയും നടത്തണം. ഉദാഹരണത്തിന്, KRAS മ്യൂട്ടന്റ് കൊളോറെക്ടൽ കാൻസറിൽ Egfrmab ഫലപ്രദമല്ല. ജീൻ സീക്വൻസിംഗിനുള്ള ഒരു രോഗിയുടെ അനുയോജ്യത പരിഗണിക്കുമ്പോൾ, രോഗിയുടെ ശാരീരിക നില, സഹ-രോഗാവസ്ഥകൾ, ട്യൂമർ ഘട്ടം എന്നിവ സംയോജിപ്പിക്കണം, കാരണം രോഗിയുടെ സമ്മതം, ലബോറട്ടറി പ്രോസസ്സിംഗ്, സീക്വൻസിംഗ് ഫലങ്ങളുടെ വിശകലനം എന്നിവയുൾപ്പെടെ ജീനോം സീക്വൻസിംഗിനായി ആവശ്യമായ ഘട്ടങ്ങളുടെ പരമ്പര രോഗിക്ക് മതിയായ ശാരീരിക ശേഷിയും ആയുർദൈർഘ്യവും ഉണ്ടായിരിക്കേണ്ടതുണ്ട്.
സോമാറ്റിക് മ്യൂട്ടേഷനുകൾക്ക് പുറമേ, ചില കാൻസറുകളിൽ ജെർംലൈൻ ജീനുകൾക്കായും പരിശോധന നടത്തണം. സ്തനാർബുദം, അണ്ഡാശയം, പ്രോസ്റ്റേറ്റ്, പാൻക്രിയാറ്റിക് കാൻസറുകൾ എന്നിവയിലെ BRCA1, BRCA2 മ്യൂട്ടേഷനുകൾ പോലുള്ള കാൻസറുകൾക്കുള്ള ചികിത്സാ തീരുമാനങ്ങളെ ജെർംലൈൻ മ്യൂട്ടേഷനുകൾക്കായുള്ള പരിശോധന സ്വാധീനിച്ചേക്കാം. രോഗികളിൽ ഭാവിയിലെ കാൻസർ പരിശോധനയ്ക്കും പ്രതിരോധത്തിനും ജെർംലൈൻ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ കാരണമായേക്കാം. ജെർംലൈൻ മ്യൂട്ടേഷനുകൾക്കായി പരിശോധനയ്ക്ക് വിധേയരാകാൻ സാധ്യതയുള്ള രോഗികൾ ചില വ്യവസ്ഥകൾ പാലിക്കേണ്ടതുണ്ട്, അതിൽ കാൻസറിന്റെ കുടുംബ ചരിത്രം, രോഗനിർണയത്തിലെ പ്രായം, കാൻസറിന്റെ തരം തുടങ്ങിയ ഘടകങ്ങൾ ഉൾപ്പെടുന്നു. എന്നിരുന്നാലും, ജെർംലൈനിൽ രോഗകാരിയായ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ വഹിക്കുന്ന പല രോഗികളും (50% വരെ) കുടുംബ ചരിത്രത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി ജേർംലൈൻ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ പരിശോധിക്കുന്നതിനുള്ള പരമ്പരാഗത മാനദണ്ഡങ്ങൾ പാലിക്കുന്നില്ല. അതിനാൽ, മ്യൂട്ടേഷൻ വാഹകരുടെ തിരിച്ചറിയൽ പരമാവധിയാക്കുന്നതിന്, സ്തനാർബുദം, അണ്ഡാശയം, എൻഡോമെട്രിയൽ, പാൻക്രിയാറ്റിക്, കൊളോറെക്ടൽ അല്ലെങ്കിൽ പ്രോസ്റ്റേറ്റ് കാൻസർ ഉള്ള എല്ലാ അല്ലെങ്കിൽ മിക്ക രോഗികളെയും ജെർംലൈൻ മ്യൂട്ടേഷനുകൾക്കായി പരിശോധിക്കണമെന്ന് നാഷണൽ കോംപ്രിഹെൻസീവ് കാൻസർ നെറ്റ്‌വർക്ക് (NCCN) ശുപാർശ ചെയ്യുന്നു.
ജനിതക പരിശോധനയുടെ സമയക്രമീകരണത്തെ സംബന്ധിച്ചിടത്തോളം, ക്ലിനിക്കലിയിൽ പ്രാധാന്യമുള്ള ഡ്രൈവർ മ്യൂട്ടേഷനുകളിൽ ഭൂരിഭാഗവും ക്ലോണൽ ആയതിനാലും കാൻസർ പുരോഗതിയുടെ സമയത്ത് താരതമ്യേന സ്ഥിരതയുള്ളതിനാലും, വിപുലമായ കാൻസർ രോഗനിർണ്ണയ സമയത്ത് രോഗികളിൽ ജനിതക പരിശോധന നടത്തുന്നത് ന്യായമാണ്. തുടർന്നുള്ള ജനിതക പരിശോധനയ്ക്ക്, പ്രത്യേകിച്ച് മോളിക്യുലാർ ടാർഗെറ്റഡ് തെറാപ്പിക്ക് ശേഷം, ട്യൂമർ ടിഷ്യു ഡിഎൻഎയേക്കാൾ സിടിഡിഎൻഎ പരിശോധന കൂടുതൽ ഗുണകരമാണ്, കാരണം രക്ത ഡിഎൻഎയിൽ എല്ലാ ട്യൂമർ നിഖേദങ്ങളിൽ നിന്നുമുള്ള ഡിഎൻഎ അടങ്ങിയിരിക്കാം, ഇത് ട്യൂമർ വൈവിധ്യത്തെക്കുറിച്ചുള്ള വിവരങ്ങൾ ലഭിക്കുന്നതിന് കൂടുതൽ സഹായകമാണ്.
ചികിത്സയ്ക്കു ശേഷമുള്ള ctDNA വിശകലനം, ചികിത്സയോടുള്ള ട്യൂമർ പ്രതികരണം പ്രവചിക്കാനും സ്റ്റാൻഡേർഡ് ഇമേജിംഗ് രീതികളേക്കാൾ നേരത്തെ രോഗ പുരോഗതി തിരിച്ചറിയാനും കഴിഞ്ഞേക്കും. എന്നിരുന്നാലും, ചികിത്സാ തീരുമാനങ്ങളെ നയിക്കാൻ ഈ ഡാറ്റ ഉപയോഗിക്കുന്നതിനുള്ള പ്രോട്ടോക്കോളുകൾ സ്ഥാപിച്ചിട്ടില്ല, കൂടാതെ ക്ലിനിക്കൽ പരീക്ഷണങ്ങളിലല്ലാതെ ctDNA വിശകലനം ശുപാർശ ചെയ്യുന്നില്ല. റാഡിക്കൽ ട്യൂമർ ശസ്ത്രക്രിയയ്ക്ക് ശേഷമുള്ള ചെറിയ അവശിഷ്ട നിഖേദങ്ങൾ വിലയിരുത്തുന്നതിനും ctDNA ഉപയോഗിക്കാം. ശസ്ത്രക്രിയയ്ക്കു ശേഷമുള്ള ctDNA പരിശോധന തുടർന്നുള്ള രോഗ പുരോഗതിയുടെ ശക്തമായ പ്രവചനമാണ്, കൂടാതെ ഒരു രോഗിക്ക് അനുബന്ധ കീമോതെറാപ്പിയിൽ നിന്ന് പ്രയോജനം ലഭിക്കുമോ എന്ന് നിർണ്ണയിക്കാൻ സഹായിച്ചേക്കാം, പക്ഷേ അനുബന്ധ കീമോതെറാപ്പി തീരുമാനങ്ങളെ നയിക്കാൻ ക്ലിനിക്കൽ പരീക്ഷണങ്ങൾക്ക് പുറത്ത് ctDNA ഉപയോഗിക്കാൻ ഇപ്പോഴും ശുപാർശ ചെയ്തിട്ടില്ല.

ഡാറ്റ പ്രോസസ്സിംഗ് ജീനോം സീക്വൻസിംഗിലെ ആദ്യ ഘട്ടം രോഗികളുടെ സാമ്പിളുകളിൽ നിന്ന് ഡിഎൻഎ വേർതിരിച്ചെടുക്കുക, ലൈബ്രറികൾ തയ്യാറാക്കുക, റോ സീക്വൻസിംഗ് ഡാറ്റ സൃഷ്ടിക്കുക എന്നിവയാണ്. അസംസ്കൃത ഡാറ്റയ്ക്ക് കൂടുതൽ പ്രോസസ്സിംഗ് ആവശ്യമാണ്, അതിൽ താഴ്ന്ന നിലവാരമുള്ള ഡാറ്റ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക, റഫറൻസ് ജീനോമുമായി താരതമ്യം ചെയ്യുക, വ്യത്യസ്ത വിശകലന അൽഗോരിതങ്ങൾ വഴി വ്യത്യസ്ത തരം മ്യൂട്ടേഷനുകൾ തിരിച്ചറിയുക, പ്രോട്ടീൻ വിവർത്തനത്തിൽ ഈ മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ സ്വാധീനം നിർണ്ണയിക്കുക, ജേം ലൈൻ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഫിൽട്ടർ ചെയ്യുക എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു.
ഡ്രൈവർ ജീൻ അനോട്ടേഷൻ ഡ്രൈവർ, പാസഞ്ചർ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ എന്നിവയെ വേർതിരിച്ചറിയാൻ രൂപകൽപ്പന ചെയ്‌തിരിക്കുന്നു. ഡ്രൈവർ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ട്യൂമർ സപ്രസ്സർ ജീൻ പ്രവർത്തനം നഷ്ടപ്പെടുന്നതിലേക്കോ വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നതിലേക്കോ നയിക്കുന്നു. ട്യൂമർ സപ്രസ്സർ ജീനുകളുടെ നിഷ്‌ക്രിയത്വത്തിലേക്ക് നയിക്കുന്ന ചെറിയ വകഭേദങ്ങളിൽ അസംബന്ധ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ, ഫ്രെയിംഷിഫ്റ്റ് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ, കീ സ്‌പ്ലൈസിംഗ് സൈറ്റ് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ, അതുപോലെ തന്നെ ഇടയ്ക്കിടെയുള്ള സ്റ്റാർട്ട് കോഡോൺ ഇല്ലാതാക്കൽ, സ്റ്റോപ്പ് കോഡോൺ ഇല്ലാതാക്കൽ, വൈവിധ്യമാർന്ന ഇൻട്രോൺ ഉൾപ്പെടുത്തൽ/ഇല്ലാതാക്കൽ മ്യൂട്ടേഷനുകൾ എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു. കൂടാതെ, മിസ്സെൻസ് മ്യൂട്ടേഷനുകളും ചെറിയ ഇൻട്രോൺ ഉൾപ്പെടുത്തൽ/ഇല്ലാതാക്കൽ മ്യൂട്ടേഷനുകളും പ്രധാനപ്പെട്ട ഫങ്ഷണൽ ഡൊമെയ്‌നുകളെ ബാധിക്കുമ്പോൾ ട്യൂമർ സപ്രസ്സർ ജീൻ പ്രവർത്തനം നഷ്ടപ്പെടുന്നതിലേക്ക് നയിച്ചേക്കാം. ട്യൂമർ സപ്രസ്സർ ജീൻ പ്രവർത്തനം നഷ്ടപ്പെടുന്നതിലേക്ക് നയിക്കുന്ന ഘടനാപരമായ വകഭേദങ്ങളിൽ ഭാഗികമായോ പൂർണ്ണമായോ ജീൻ ഇല്ലാതാക്കലും ജീൻ റീഡിംഗ് ഫ്രെയിമിന്റെ നാശത്തിലേക്ക് നയിക്കുന്ന മറ്റ് ജീനോമിക് വകഭേദങ്ങളും ഉൾപ്പെടുന്നു. ഓങ്കോജീനുകളുടെ മെച്ചപ്പെട്ട പ്രവർത്തനത്തിലേക്ക് നയിക്കുന്ന ചെറിയ വകഭേദങ്ങളിൽ മിസ്സെൻസ് മ്യൂട്ടേഷനുകളും പ്രധാനപ്പെട്ട പ്രോട്ടീൻ ഫങ്ഷണൽ ഡൊമെയ്‌നുകളെ ലക്ഷ്യമിടുന്ന ഇടയ്ക്കിടെയുള്ള ഇൻട്രോൺ ഉൾപ്പെടുത്തലുകളും/ഇല്ലാതാക്കലുകളും ഉൾപ്പെടുന്നു. അപൂർവ സന്ദർഭങ്ങളിൽ, പ്രോട്ടീൻ ട്രങ്കേഷൻ അല്ലെങ്കിൽ സ്‌പ്ലൈസിംഗ് സൈറ്റ് മ്യൂട്ടേഷനുകൾ ഓങ്കോജീനുകളുടെ സജീവമാക്കലിലേക്ക് നയിച്ചേക്കാം. ഓങ്കോജീൻ സജീവമാക്കലിലേക്ക് നയിക്കുന്ന ഘടനാപരമായ വ്യതിയാനങ്ങളിൽ ജീൻ സംയോജനം, ജീൻ ഇല്ലാതാക്കൽ, ജീൻ തനിപ്പകർപ്പ് എന്നിവ ഉൾപ്പെടുന്നു.
ജീനോമിക് വ്യതിയാനത്തിന്റെ ക്ലിനിക്കൽ വ്യാഖ്യാനം, തിരിച്ചറിഞ്ഞ മ്യൂട്ടേഷനുകളുടെ ക്ലിനിക്കൽ പ്രാധാന്യം വിലയിരുത്തുന്നു, അതായത് അവയുടെ സാധ്യതയുള്ള ഡയഗ്നോസ്റ്റിക്, പ്രോഗ്നോസ്റ്റിക് അല്ലെങ്കിൽ ചികിത്സാ മൂല്യം. ജീനോമിക് വ്യതിയാനത്തിന്റെ ക്ലിനിക്കൽ വ്യാഖ്യാനത്തെ നയിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കാവുന്ന നിരവധി തെളിവുകൾ അടിസ്ഥാനമാക്കിയുള്ള ഗ്രേഡിംഗ് സംവിധാനങ്ങളുണ്ട്.
മെമ്മോറിയൽ സ്ലോൺ-കെറ്ററിംഗ് കാൻസർ സെന്ററിന്റെ പ്രിസിഷൻ മെഡിസിൻ ഓങ്കോളജി ഡാറ്റാബേസ് (ഓങ്കോകെബി) ജീൻ വകഭേദങ്ങളെ മയക്കുമരുന്ന് ഉപയോഗത്തിനുള്ള പ്രവചന മൂല്യത്തെ അടിസ്ഥാനമാക്കി നാല് തലങ്ങളായി തരംതിരിക്കുന്നു: ലെവൽ 1/2, അംഗീകൃത മരുന്നിനോടുള്ള ഒരു പ്രത്യേക സൂചനയുടെ പ്രതികരണം പ്രവചിക്കുന്ന എഫ്ഡിഎ-അംഗീകൃത അല്ലെങ്കിൽ ക്ലിനിക്കൽ-സ്റ്റാൻഡേർഡ് ബയോമാർക്കറുകൾ; ലെവൽ 3, ക്ലിനിക്കൽ പരീക്ഷണങ്ങളിൽ പ്രതീക്ഷകൾ പ്രകടിപ്പിച്ച നോവൽ ടാർഗെറ്റുചെയ്‌ത മരുന്നുകളോടുള്ള പ്രതികരണം പ്രവചിക്കുന്ന എഫ്ഡിഎ-അംഗീകൃത അല്ലെങ്കിൽ അംഗീകാരമില്ലാത്ത ബയോമാർക്കറുകൾ, ലെവൽ 4, ക്ലിനിക്കൽ പരീക്ഷണങ്ങളിൽ ബോധ്യപ്പെടുത്തുന്ന ജൈവശാസ്ത്രപരമായ തെളിവുകൾ കാണിച്ച നോവൽ ടാർഗെറ്റുചെയ്‌ത മരുന്നുകളോടുള്ള പ്രതികരണം പ്രവചിക്കുന്ന എഫ്ഡിഎ-അംഗീകൃതമല്ലാത്ത ബയോമാർക്കറുകൾ. ചികിത്സാ പ്രതിരോധവുമായി ബന്ധപ്പെട്ട അഞ്ചാമത്തെ ഉപഗ്രൂപ്പ് ചേർത്തു.
സോമാറ്റിക് വ്യതിയാനത്തിന്റെ വ്യാഖ്യാനത്തിനായുള്ള അമേരിക്കൻ സൊസൈറ്റി ഫോർ മോളിക്യുലാർ പാത്തോളജി (AMP)/അമേരിക്കൻ സൊസൈറ്റി ഓഫ് ക്ലിനിക്കൽ ഓങ്കോളജി (ASCO)/കോളേജ് ഓഫ് അമേരിക്കൻ പാത്തോളജിസ്റ്റ്സ് (CAP) മാർഗ്ഗനിർദ്ദേശങ്ങൾ സോമാറ്റിക് വ്യതിയാനത്തെ നാല് വിഭാഗങ്ങളായി തിരിച്ചിരിക്കുന്നു: ശക്തമായ ക്ലിനിക്കൽ പ്രാധാന്യമുള്ള ഗ്രേഡ് I; സാധ്യതയുള്ള ക്ലിനിക്കൽ പ്രാധാന്യമുള്ള ഗ്രേഡ് II; അജ്ഞാതമായ ക്ലിനിക്കൽ പ്രാധാന്യമുള്ള ഗ്രേഡ് III; ക്ലിനിക്കൽ പ്രാധാന്യമുള്ളതായി അറിയാത്ത ഗ്രേഡ് IV. ചികിത്സാ തീരുമാനങ്ങൾക്ക് ഗ്രേഡ് I, II വകഭേദങ്ങൾ മാത്രമേ വിലപ്പെട്ടൂ.
ESMO യുടെ മോളിക്യുലാർ ടാർഗെറ്റ് ക്ലിനിക്കൽ ഓപ്പറേറ്റബിലിറ്റി സ്കെയിൽ (ESCAT) ജീൻ വകഭേദങ്ങളെ ആറ് തലങ്ങളായി തരംതിരിക്കുന്നു: ലെവൽ I, പതിവ് ഉപയോഗത്തിന് അനുയോജ്യമായ ലക്ഷ്യങ്ങൾ; ഇപ്പോഴും പഠിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കുന്ന ഒരു ലക്ഷ്യമായ ഘട്ടം II, ലക്ഷ്യ മരുന്നിൽ നിന്ന് പ്രയോജനം നേടാൻ കഴിയുന്ന രോഗികളുടെ ജനസംഖ്യയെ പരിശോധിക്കാൻ ഉപയോഗിക്കാൻ സാധ്യതയുണ്ട്, പക്ഷേ അതിനെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നതിന് കൂടുതൽ ഡാറ്റ ആവശ്യമാണ്. ഗ്രേഡ് III, മറ്റ് കാൻസർ ഇനങ്ങളിൽ ക്ലിനിക്കൽ ഗുണം പ്രകടമാക്കിയ ടാർഗെറ്റുചെയ്‌ത ജീൻ വകഭേദങ്ങൾ; ഗ്രേഡ് IV, പ്രീക്ലിനിക്കൽ തെളിവുകൾ പിന്തുണയ്ക്കുന്ന ടാർഗെറ്റുചെയ്‌ത ജീൻ വകഭേദങ്ങൾ മാത്രം; ഗ്രേഡ് V-ൽ, മ്യൂട്ടേഷൻ ലക്ഷ്യമിടുന്നതിന്റെ ക്ലിനിക്കൽ പ്രാധാന്യത്തെ പിന്തുണയ്ക്കുന്നതിന് തെളിവുകളുണ്ട്, എന്നാൽ ലക്ഷ്യത്തിനെതിരായ ഒറ്റ-മരുന്ന് തെറാപ്പി അതിജീവനം വർദ്ധിപ്പിക്കുന്നില്ല, അല്ലെങ്കിൽ ഒരു കോമ്പിനേഷൻ ചികിത്സാ തന്ത്രം സ്വീകരിക്കാം; ഗ്രേഡ് X, ക്ലിനിക്കൽ മൂല്യത്തിന്റെ അഭാവം.